Thảo luận Chuẩn Bị Hồ Sơ Và Kịch Bản Giải Trình Khi Đoàn Kiểm Tra Sau Thông Quan Xuống Doanh Nghiệp

[Mai Tiến Thành]

Chuẩn bị cho đoàn kiểm tra sau thông quan gồm ba giai đoạn: rà soát và tập hợp hồ sơ ngay khi nhận quyết định kiểm tra, tổ chức làm việc và giải trình bằng chứng từ trong thời gian đoàn làm việc tại trụ sở, theo dõi biên bản, kết luận và xử lý kết quả sau khi đoàn kết thúc kiểm tra.

​

Những điểm chính cần ghi nhớ về chuẩn bị hồ sơ và giải trình khi đoàn kiểm tra xuống doanh nghiệp​ • Thời gian chuẩn bị: quyết định kiểm tra tại trụ sở người khai hải quan được gửi chậm nhất 05 ngày làm việc trước ngày kiểm tra, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm.​ • Thời hạn kiểm tra hiện hành: tối đa 10 ngày làm việc, gia hạn một lần không quá 10 ngày làm việc theo Điều 80 Luật Hải quan; từ ngày 01/3/2027, Luật số 11/2026/QH16 nâng lên tối đa 20 ngày, gia hạn một lần không quá 20 ngày.​ • Sau kiểm tra: biên bản kiểm tra được lập trong 05 ngày làm việc kể từ khi kết thúc kiểm tra, kết luận kiểm tra được ký và gửi doanh nghiệp trong 15 ngày.​ • Nguyên tắc giải trình: trả lời đúng câu hỏi, dựa trên chứng từ, nội dung chưa rõ thì đề nghị giải trình bằng văn bản trong thời hạn hợp lý thay vì trả lời phỏng đoán.​ • Ghi nhận ý kiến: doanh nghiệp có quyền ghi ý kiến khác vào biên bản làm việc khi chưa thống nhất nội dung.​

Căn Cứ Và Trình Tự Kiểm Tra Sau Thông Quan Tại Trụ Sở Doanh Nghiệp​

Kiểm tra sau thông quan được thực hiện tại trụ sở cơ quan hải quan hoặc tại trụ sở người khai hải quan. Bài viết này tập trung vào trường hợp đoàn kiểm tra làm việc trực tiếp tại doanh nghiệp, vì đây là tình huống đòi hỏi chuẩn bị nhiều nhất.
Khung pháp lý hiện hành gồm Luật Hải quan 2014 (đã sửa đổi, bổ sung), Nghị định 08/2015/NĐ-CP (đã sửa đổi, bổ sung) và các Điều 141 đến 145 Thông tư 38/2015/TT-BTC. Thông tư 121/2025/TT-BTC, hiệu lực từ ngày 01/02/2026, đã bố cục lại các điều khoản trên: bổ sung thông báo chuẩn bị tài liệu trước khi kiểm tra, làm rõ kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan và tại trụ sở doanh nghiệp, quy định sửa đổi, bổ sung, gia hạn, tạm dừng, hủy quyết định kiểm tra.
Theo Điều 80 Luật Hải quan, trình tự kiểm tra tại trụ sở người khai như sau:
• Gửi quyết định: quyết định kiểm tra được gửi cho doanh nghiệp trong 03 ngày làm việc kể từ ngày ký và chậm nhất 05 ngày làm việc trước ngày tiến hành kiểm tra, trừ trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 78.
• Công bố quyết định: đoàn kiểm tra công bố quyết định khi bắt đầu kiểm tra.
• Kiểm tra, đối chiếu: đối chiếu nội dung khai hải quan và sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, chứng từ liên quan và tình trạng thực tế của hàng hóa (nếu còn).
• Thời hạn: tối đa 10 ngày làm việc kể từ ngày bắt đầu kiểm tra; phạm vi lớn, nội dung phức tạp được gia hạn một lần không quá 10 ngày làm việc.
• Biên bản: lập trong 05 ngày làm việc kể từ khi kết thúc kiểm tra.
• Kết luận: người quyết định kiểm tra ký kết luận và gửi doanh nghiệp trong 15 ngày kể từ khi kết thúc kiểm tra; trường hợp cần ý kiến chuyên môn, thời hạn tính từ ngày có ý kiến chuyên môn.
Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan số 11/2026/QH16 có hiệu lực từ ngày 01/3/2027 thay đổi thời hạn kiểm tra thành không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định, gia hạn một lần không quá 20 ngày, tổng tối đa 40 ngày. Thẩm quyền quyết định kiểm tra cũng được quy định theo bộ máy mới gồm Cục trưởng Cục Hải quan, Chi cục trưởng Chi cục Kiểm tra sau thông quan và Trưởng Hải quan khu vực.

>>>> Xem thêm: Nên học báo cáo quyết toán hải quan ở đâu​

Giai Đoạn 1: Năm Đầu Mục Phải Hoàn Thành Ngay Khi Nhận Quyết Định Kiểm Tra​

Ba giai đoạn ứng phó khi đoàn kiểm tra sau thông quan làm việc tại doanh nghiệp​

Doanh nghiệp thường có từ 5 đến 7 ngày làm việc kể từ khi nhận quyết định tới ngày đoàn đến. Khoảng thời gian này quyết định phần lớn kết quả kiểm tra, vì đây là lúc doanh nghiệp có thể tự phát hiện vấn đề và chuẩn bị chứng từ giải trình.​

Đọc kỹ quyết định để xác định phạm vi​

Quyết định kiểm tra ghi rõ thời kỳ kiểm tra, loại hình, nhóm tờ khai và nội dung kiểm tra như trị giá, mã số, xuất xứ, định mức, miễn thuế. Doanh nghiệp liệt kê toàn bộ tờ khai trong phạm vi, phân nhóm theo nội dung để biết đoàn sẽ tập trung vào đâu. Ví dụ quyết định ghi "kiểm tra nội dung khai báo trị giá hải quan của hàng hóa nhập khẩu từ công ty liên kết giai đoạn 2023-2025" cho thấy đoàn sẽ xem hợp đồng mua bán nội bộ tập đoàn, phí bản quyền và chính sách giá chuyển giao.​

Thành lập tổ ứng phó và phân vai​

Tổ ứng phó nên gồm bốn vai trò:
• Trưởng tổ: giám đốc tài chính hoặc người đại diện được ủy quyền, chủ trì các buổi làm việc chính và ký biên bản.
• Đầu mối tài liệu: nhân viên xuất nhập khẩu hoặc kế toán, quản lý sổ giao nhận tài liệu, cung cấp tài liệu theo yêu cầu.
• Chuyên gia nghiệp vụ: người hiểu sản phẩm, quy trình sản xuất, định mức, giải trình về mã HS và định mức.
• Tư vấn độc lập (nếu cần): đại lý hải quan hoặc chuyên gia thuế hỗ trợ lập luận pháp lý khi nội dung phức tạp.​

Tự rà soát trước nội dung trong phạm vi kiểm tra​

Tổ ứng phó rà soát nhanh bốn nhóm rủi ro phổ biến: mã HS, trị giá, xuất xứ và miễn thuế, hoàn thuế. Phát hiện sai sót ở giai đoạn này giúp doanh nghiệp chủ động lập luận và chuẩn bị số liệu, thay vì bị động khi đoàn chỉ ra.​

Tập hợp hồ sơ theo danh mục​

Hồ sơ được sắp xếp theo từng nội dung kiểm tra, mỗi nhóm có danh mục, đánh số trang. Bảng danh mục chi tiết được trình bày ở phần tiếp theo.​

Chuẩn bị điều kiện làm việc​

Doanh nghiệp bố trí phòng làm việc riêng, máy tính có quyền truy cập phần mềm kế toán ở chế độ chỉ xem, máy in, và lịch làm việc của những người liên quan trong suốt thời hạn kiểm tra. Nhân sự chủ chốt không nên đi công tác dài ngày trong thời gian đoàn làm việc.​

Danh Mục Hồ Sơ Cần Chuẩn Bị Theo Từng Nội Dung Kiểm Tra​

Nội dung kiểm tra	Hồ sơ cần chuẩn bị
Hồ sơ chung	Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, giấy chứng nhận đầu tư, sơ đồ tổ chức, báo cáo tài chính đã kiểm toán, danh sách tờ khai trong phạm vi
Trị giá hải quan	Hợp đồng mua bán, hóa đơn, chứng từ thanh toán quốc tế, sổ chi tiết công nợ phải trả người bán, hợp đồng bản quyền, phí dịch vụ, tài liệu giá chuyển giao, chứng từ cước và bảo hiểm
Mã số hàng hóa	Catalogue, thông số kỹ thuật, bản vẽ, kết quả phân tích phân loại, văn bản xác định trước mã số, hình ảnh hàng hóa
Xuất xứ	C/O, chứng từ tự chứng nhận, hợp đồng, vận đơn, chứng từ vận chuyển trực tiếp, thư từ yêu cầu xác minh
Gia công, sản xuất xuất khẩu, doanh nghiệp chế xuất	Hợp đồng gia công, định mức thực tế, báo cáo quyết toán, sổ kho nguyên liệu và thành phẩm, phiếu nhập xuất kho, biên bản kiểm kê, chứng từ xử lý phế liệu, phế phẩm
Hàng miễn thuế, hoàn thuế	Danh mục miễn thuế, quyết định hoàn thuế, sổ theo dõi tài sản cố định, chứng từ sử dụng hàng miễn thuế đúng mục đích
Chính sách mặt hàng	Giấy phép, kết quả kiểm tra chuyên ngành, văn bản chấp thuận của cơ quan quản lý

Hồ sơ nên chuẩn bị đồng thời hai dạng: bản giấy sắp xếp theo danh mục và bản điện tử theo cùng cấu trúc thư mục. Đoàn kiểm tra thường yêu cầu bản sao có xác nhận của doanh nghiệp cho các tài liệu sẽ đưa vào hồ sơ kiểm tra.​

Giai Đoạn 2: Kịch Bản Làm Việc Trong Thời Gian Đoàn Kiểm Tra Tại Doanh Nghiệp​

Buổi công bố quyết định​

Buổi đầu tiên có sự tham dự của người đại diện theo pháp luật hoặc người được ủy quyền, trưởng tổ ứng phó và đầu mối tài liệu. Sau khi đoàn công bố quyết định, doanh nghiệp trình bày ngắn gọn khoảng 15 đến 20 phút về mô hình hoạt động, sản phẩm chính, chuỗi cung ứng, quy trình xuất nhập khẩu và hệ thống kế toán.
Phần trình bày nên thống nhất từ trước, tránh thông tin mâu thuẫn hồ sơ. Doanh nghiệp đề nghị đoàn thống nhất đầu mối liên lạc, cách thức yêu cầu tài liệu và giờ làm việc hằng ngày.​

Nguyên tắc làm việc hằng ngày​

• Một đầu mối cung cấp tài liệu: mọi yêu cầu tài liệu đi qua đầu mối, ghi vào sổ giao nhận gồm ngày, tên tài liệu, số trang, người giao, người nhận.
• Cung cấp đúng tài liệu được yêu cầu: không cung cấp thừa tài liệu ngoài phạm vi, không chỉnh sửa tài liệu gốc sau khi đã giao.
• Trả lời đúng người, đúng nội dung: câu hỏi về định mức do chuyên gia sản xuất trả lời, câu hỏi về thanh toán do kế toán trả lời.
• Không trả lời phỏng đoán: nội dung chưa rõ, doanh nghiệp đề nghị được giải trình bằng văn bản kèm chứng từ.
• Tổng hợp cuối ngày: tổ ứng phó họp ngắn cuối mỗi ngày, ghi nhận câu hỏi của đoàn, tài liệu đã giao, nội dung cần giải trình tiếp.​

Kiểm tra thực tế kho hàng​

Đoàn có thể kiểm tra tình trạng thực tế nguyên liệu, thành phẩm, phế liệu, máy móc thiết bị. Doanh nghiệp chuẩn bị sơ đồ kho, thẻ kho, báo cáo tồn kho tại ngày kiểm tra, và cử thủ kho đi cùng đoàn. Số liệu kiểm kê thực tế cần được lập biên bản có chữ ký các bên.​

Đọc kỹ biên bản làm việc trước khi ký​

Mỗi buổi làm việc hoặc mỗi nội dung có thể được lập biên bản. Doanh nghiệp đọc kỹ từng câu, đặc biệt các câu mang tính kết luận như "doanh nghiệp thừa nhận", "doanh nghiệp không cung cấp được". Khi chưa đồng ý, người ký ghi rõ ý kiến khác và nêu thời hạn sẽ bổ sung tài liệu.​

Kịch Bản Giải Trình Cho Bốn Tình Huống Điển Hình​

Kịch bản giải trình cho bốn tình huống điển hình khi kiểm tra sau thông quan​

Các kịch bản dưới đây là gợi ý của tác giả dựa trên thực tế làm việc, doanh nghiệp điều chỉnh theo hồ sơ cụ thể. Nguyên tắc chung là mỗi luận điểm phải đi kèm chứng từ.​

Tình huống 1: Đoàn đặt vấn đề phí bản quyền phải cộng vào trị giá​

• Câu hỏi đoàn có thể đặt: khoản phí bản quyền trả cho công ty mẹ có liên quan tới hàng nhập khẩu không, có phải điều kiện mua bán không.
• Hướng giải trình: phân tích nội dung hợp đồng bản quyền, chứng minh khoản phí gắn liền quyền sử dụng nhãn hiệu cho sản phẩm bán trong nước, không gắn liền hoạt động mua nguyên liệu; doanh nghiệp được tự do mua nguyên liệu từ nhà cung cấp khác.
• Chứng từ kèm: hợp đồng bản quyền, hợp đồng mua nguyên liệu, hóa đơn mua nguyên liệu từ nhà cung cấp độc lập (nếu có), cơ cấu tính phí.​

Tình huống 2: Đoàn cho rằng mã HS đã khai không đúng​

• Câu hỏi đoàn có thể đặt: căn cứ phân loại, chức năng chính của hàng hóa, hàng có sử dụng độc lập được không.
• Hướng giải trình: lập luận theo quy tắc phân loại tổng quát, chú giải chương, chú giải chi tiết HS; đối chiếu văn bản xác định trước mã số hoặc kết quả phân loại của cơ quan hải quan cho hàng tương tự.
• Chứng từ kèm: catalogue, thông số kỹ thuật, hình ảnh, video vận hành, bản vẽ lắp đặt, kết quả giám định độc lập (nếu có).​

Tình huống 3: Đoàn phát hiện chênh lệch tồn kho nguyên liệu​

• Câu hỏi đoàn có thể đặt: nguyên nhân chênh lệch giữa tồn kho thực tế và tồn kho trên báo cáo quyết toán.
• Hướng giải trình: phân tích chênh lệch theo từng nguyên nhân: định mức thực tế thay đổi trong năm, hao hụt vượt định mức do sự cố sản xuất, phế liệu đã bán đã khai A42, hàng chuyển kho chưa ghi nhận, sai sót số liệu báo cáo.
• Chứng từ kèm: bảng đối chiếu nhập, xuất, tồn theo từng mã nguyên liệu, biên bản sự cố, tờ khai A42, biên bản tiêu hủy.
Ví dụ, Công ty P bị phát hiện thiếu 4.500 m² da thuộc khi đối chiếu báo cáo quyết toán. Sau giải trình, công ty chứng minh được 2.800 m² là hao hụt do lô da lỗi có biên bản xác nhận của nhà cung cấp và biên bản tiêu hủy có hải quan giám sát, 900 m² do định mức áo da điều chỉnh từ tháng 7 nhưng chưa cập nhật. Phần chênh lệch còn lại chỉ 800 m², số thuế truy thu giảm từ 264.600.000 đồng xuống khoảng 47.040.000 đồng theo cùng đơn giá và thuế suất giả định.​

Tình huống 4: C/O nhập khẩu đang bị xác minh​

• Câu hỏi đoàn có thể đặt: doanh nghiệp đã nhận được kết quả xác minh chưa, nhà cung cấp có hợp tác không.
• Hướng giải trình: cung cấp thư từ trao đổi cùng nhà cung cấp, tài liệu chứng minh quy trình sản xuất của nhà cung cấp, cam kết hợp tác xác minh.
• Chứng từ kèm: C/O, hợp đồng, chứng từ vận chuyển trực tiếp, thư xác nhận của nhà sản xuất nước ngoài.​

Giai Đoạn 3: Sau Khi Đoàn Kết Thúc Kiểm Tra​

• Biên bản kiểm tra: lập trong 05 ngày làm việc kể từ khi kết thúc kiểm tra. Doanh nghiệp đọc kỹ, đối chiếu từng số liệu, ghi ý kiến khác nếu có.
• Bổ sung tài liệu: tài liệu doanh nghiệp đã hẹn bổ sung phải được gửi đúng hạn, có văn bản giao nhận.
• Kết luận kiểm tra: ký và gửi doanh nghiệp trong 15 ngày kể từ khi kết thúc kiểm tra. Doanh nghiệp rà soát cơ sở pháp lý và số liệu từng nội dung kết luận.
• Thực hiện kết luận: nộp số thuế truy thu, tiền chậm nộp, tiền phạt theo quyết định; điều chỉnh sổ sách kế toán, khai bổ sung các tờ khai liên quan.
• Khiếu nại, khởi kiện: khi không đồng ý, doanh nghiệp thực hiện quyền khiếu nại hoặc khởi kiện theo quy định của pháp luật về khiếu nại, tố tụng hành chính.
• Khắc phục hệ thống: cập nhật quy trình nội bộ, danh mục mã HS, chính sách trị giá, quy trình quản lý kho để không lặp lại sai sót.​

Ví Dụ Lịch Ứng Phó Một Đợt Kiểm Tra 10 Ngày Làm Việc​

Công ty Q nhận quyết định kiểm tra ngày thứ Hai 02/11/2026, ngày bắt đầu kiểm tra là thứ Hai 09/11/2026, nội dung kiểm tra trị giá và định mức giai đoạn 2023-2025, thời hạn 10 ngày làm việc.
• 02/11 đến 03/11: đọc quyết định, liệt kê 1.240 tờ khai trong phạm vi, thành lập tổ ứng phó 5 người.
• 04/11 đến 06/11: rà soát trị giá 20 nhà cung cấp lớn nhất chiếm 85% kim ngạch, rà soát định mức 30 mã thành phẩm chính, tập hợp hồ sơ theo danh mục.
• 09/11: buổi công bố quyết định và trình bày tổng quan doanh nghiệp.
• 10/11 đến 18/11: đoàn làm việc theo nội dung, tổ ứng phó họp cuối ngày, giải trình bằng văn bản 6 nội dung.
• 19/11 đến 20/11: kiểm tra thực tế kho, lập biên bản kiểm kê.
• 05 ngày làm việc sau khi kết thúc: nhận biên bản kiểm tra, ghi ý kiến khác ở 1 nội dung về phân bổ phí dịch vụ.
• 15 ngày sau khi kết thúc: nhận kết luận kiểm tra, thực hiện nộp thuế hoặc chuẩn bị khiếu nại.​

Những Sai Lầm Doanh Nghiệp Hay Mắc Khi Làm Việc Cùng Đoàn Kiểm Tra​

• Giao toàn bộ ổ dữ liệu cho đoàn: cung cấp thừa tài liệu ngoài phạm vi, mở rộng rủi ro không cần thiết.
• Nhiều người cùng trả lời một câu hỏi: thông tin mâu thuẫn, làm giảm độ tin cậy của toàn bộ giải trình.
• Chỉnh sửa chứng từ sau khi đã giao: có thể bị xem là hành vi cản trở kiểm tra hoặc làm sai lệch hồ sơ.
• Ký biên bản khi chưa đọc kỹ: các câu mang tính thừa nhận trong biên bản rất khó thay đổi sau này.
• Không lưu sổ giao nhận tài liệu: khi có tranh chấp về chuyện đã cung cấp tài liệu hay chưa, doanh nghiệp không có căn cứ.
• Bỏ lỡ thời hạn bổ sung tài liệu: đoàn kết luận trên cơ sở tài liệu đã có, bất lợi cho doanh nghiệp.​

Câu Hỏi Thường Gặp Về Làm Việc Cùng Đoàn Kiểm Tra Sau Thông Quan​

Doanh nghiệp có được đề nghị lùi ngày kiểm tra không?​

Doanh nghiệp có thể đề nghị bằng văn bản khi có lý do chính đáng như người đại diện vắng mặt dài ngày hoặc sự kiện bất khả kháng. Thông tư 121/2025/TT-BTC đã quy định về sửa đổi, gia hạn, tạm dừng quyết định kiểm tra; chấp nhận đề nghị hay không do người quyết định kiểm tra xem xét.​

Đoàn kiểm tra có được mang tài liệu gốc về cơ quan hải quan không?​

Trưởng đoàn có quyền tạm giữ, niêm phong tài liệu, tang vật khi có dấu hiệu tẩu tán hoặc tiêu hủy, theo Điều 81 Luật Hải quan. Thông thường, đoàn yêu cầu bản sao có xác nhận của doanh nghiệp, tài liệu gốc vẫn do doanh nghiệp lưu giữ.​

Khai bổ sung trong thời gian đoàn đang kiểm tra có được giảm phạt không?​

Theo Nghị định 169/2026/NĐ-CP, mức phạt 10% áp dụng khi doanh nghiệp tự phát hiện và khai bổ sung đúng các thời điểm quy định; khai bổ sung theo kết luận kiểm tra hoặc khi cơ quan hải quan phát hiện bị phạt 20%. Doanh nghiệp nên tự rà soát và khai bổ sung trước khi có quyết định kiểm tra để được hưởng mức xử lý nhẹ hơn.​

Thời hạn kiểm tra từ năm 2027 thay đổi thế nào?​

Từ ngày 01/3/2027, Luật số 11/2026/QH16 quy định thời hạn kiểm tra không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định, gia hạn một lần không quá 20 ngày. Các đợt kiểm tra tới sẽ có thời gian dài hơn, đòi hỏi doanh nghiệp duy trì tổ ứng phó lâu hơn.​

Có nên thuê tư vấn khi bị kiểm tra sau thông quan không?​

Doanh nghiệp nên cân nhắc thuê tư vấn khi nội dung kiểm tra phức tạp như trị giá giao dịch liên kết, phí bản quyền, xác minh xuất xứ, hoặc khi số thuế có thể bị truy thu lớn. Tư vấn hỗ trợ lập luận pháp lý, còn chứng từ và số liệu vẫn do doanh nghiệp cung cấp.​

Kết Luận​

Một đợt kiểm tra sau thông quan không thể "chuẩn bị" trong vài ngày nếu hồ sơ nhiều năm trước đó không được lưu trữ đầy đủ. Tuy vậy, năm đến bảy ngày làm việc trước khi đoàn đến vẫn đủ để doanh nghiệp xác định phạm vi, phân vai, tự rà soát rủi ro và sắp xếp hồ sơ theo từng nội dung kiểm tra.

Suốt thời gian đoàn làm việc, nguyên tắc một đầu mối, trả lời bằng chứng từ, đọc kỹ biên bản và giải trình bằng văn bản là bốn yếu tố quyết định kết quả. Doanh nghiệp coi mỗi đợt kiểm tra là dịp hoàn thiện hệ thống tuân thủ sẽ giảm đáng kể rủi ro ở các đợt kiểm tra tiếp theo.
​

Tham khảo thêm nhiều bài viết bổ ích tại diễn đàn xuất nhập khẩu nhé

>>>>>> Có thể bạn quan tâm:

• Khóa học báo cáo quyết toán hải quan ở đâu tốt?
• Học khai báo hải quan ở đâu tốt?
• Học hành chính nhân sự tại Hà Nội ở đâu?
• Khóa học C/O ở đâu tốt