Chia sẻ Quy Trình Khai Báo Và Thông Quan Một Lô Hàng Nhập Khẩu Từ A Đến Z

[Mai Tiến Thành]

Quy trình thông quan hàng nhập khẩu gồm chín bước nối tiếp nhau: nhận thông báo hàng đến, kiểm tra chính sách mặt hàng, khai tờ khai trên VNACCS, nhận phân luồng, nộp hồ sơ, kiểm tra chuyên ngành, nộp thuế, thông quan và lấy hàng ra khỏi cảng.

​

Những điểm chính cần ghi nhớ về quy trình thông quan hàng nhập khẩu​ • Căn cứ pháp lý: Luật Hải quan 2014, Nghị định 08/2015/NĐ-CP và Thông tư 38/2015/TT-BTC, cùng các văn bản sửa đổi mới nhất là Luật số 90/2025/QH15, Nghị định 167/2025/NĐ-CP và Thông tư 121/2025/TT-BTC (hiệu lực từ 01/02/2026). • Thời hạn khai: tờ khai nhập khẩu được nộp trước ngày hàng đến cửa khẩu hoặc trong vòng 30 ngày kể từ ngày hàng đến. • Phân luồng: luồng xanh được thông quan tự động, luồng vàng phải kiểm tra hồ sơ, luồng đỏ phải kiểm tra cả hồ sơ lẫn thực tế hàng hóa. • Nghĩa vụ thuế: thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng và các loại thuế khác (nếu có) phải nộp trước khi thông quan, trừ trường hợp được bảo lãnh hoặc ân hạn theo quy định. • Rủi ro lớn nhất: áp sai mã HS và bỏ sót kiểm tra chuyên ngành, hai lỗi khiến lô hàng bị truy thu thuế hoặc nằm cảng phát sinh phí lưu container.​

Thông Quan Hàng Nhập Khẩu Là Gì Và Văn Bản Nào Đang Điều Chỉnh​

Thông quan hàng nhập khẩu là kết quả cuối cùng của thủ tục hải quan, khi cơ quan hải quan xác nhận lô hàng đã hoàn thành nghĩa vụ khai báo, kiểm tra và nộp thuế, từ đó chủ hàng được phép đưa hàng vào lưu thông trong nước. Trước thời điểm thông quan, hàng hóa vẫn nằm dưới sự giám sát hải quan dù đã cập cảng.​

Khung pháp lý hiện hành cho thủ tục này gồm ba tầng văn bản. Người làm chứng từ nên nắm rõ tầng văn bản nào quy định nội dung nào, bởi khi phát sinh vướng mắc, công chức hải quan sẽ viện dẫn đúng điều khoản cụ thể.
• Luật Hải quan số 54/2014/QH13: quy định nguyên tắc thủ tục, thời hạn khai, thời hạn kiểm tra và quyền, nghĩa vụ của người khai hải quan. Luật đã được sửa đổi, bổ sung một số điều bởi Luật số 90/2025/QH15.
• Nghị định 08/2015/NĐ-CP: hướng dẫn chi tiết Luật Hải quan về thủ tục, kiểm tra, giám sát; đã được sửa đổi bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP và gần nhất là Nghị định 167/2025/NĐ-CP.
• Thông tư 38/2015/TT-BTC: quy định hồ sơ, trình tự khai báo từng loại hình; đã được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/02/2026.
Một điểm mới đáng chú ý của Thông tư 121/2025/TT-BTC là yêu cầu người khai đăng ký kết nối hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan bằng tài khoản định danh điện tử VNeID. Thông tư cũng sửa quy định về nộp, xác nhận và sử dụng chứng từ thuộc hồ sơ hải quan trên hệ thống điện tử, theo hướng người khai không phải nộp lại chứng từ đã được cấp qua Cơ chế một cửa quốc gia.
Về tổ chức bộ máy, từ năm 2025 Tổng cục Hải quan đã được sắp xếp lại thành Cục Hải quan trực thuộc Bộ Tài chính, các cục hải quan tỉnh, thành phố được tổ chức lại thành chi cục hải quan khu vực. Người làm chứng từ cần cập nhật đúng tên cơ quan và mã đơn vị hải quan khi khai tờ khai, tránh dùng lại thông tin trên bộ hồ sơ mẫu cũ.​

Chuẩn Bị Trước Khi Hàng Về: Bước Quyết Định 70% Rủi Ro Của Lô Hàng​

Phần lớn lô hàng bị kẹt cảng không phải do khai sai trên phần mềm mà do khâu chuẩn bị bị bỏ qua từ lúc ký hợp đồng. Người làm chứng từ có kinh nghiệm luôn làm ba phép kiểm tra ngay khi nhận được bản nháp hợp đồng hoặc proforma invoice từ phòng mua hàng.​

Xác định mã HS của hàng hóa​

Mã HS quyết định thuế suất, chính sách quản lý và yêu cầu kiểm tra chuyên ngành của lô hàng. Người khai tra cứu theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam và Biểu thuế xuất khẩu, nhập khẩu ưu đãi hiện hành, đọc kỹ chú giải chương, chú giải phân nhóm và sáu quy tắc phân loại tổng quát.
Ví dụ, ghế văn phòng có khung kim loại, đệm bọc vải và chân xoay có bánh xe được phân loại vào nhóm 94.01 (ghế ngồi), không phải nhóm 73.26 (sản phẩm khác bằng sắt thép) dù khung chiếm phần lớn trọng lượng. Mặt hàng có cấu tạo phức tạp hoặc giá trị lớn nên làm thủ tục xác định trước mã số tại cơ quan hải quan để tránh tranh chấp khi kiểm tra sau thông quan.​

Kiểm tra chính sách quản lý mặt hàng​

Sau khi có mã HS, người khai đối chiếu mặt hàng có thuộc một trong các nhóm sau hay không:
• Hàng cấm nhập khẩu: không được làm thủ tục dưới bất kỳ hình thức nào, ví dụ một số loại hàng tiêu dùng đã qua sử dụng theo danh mục của Chính phủ.
• Hàng nhập khẩu theo giấy phép: phải có giấy phép của bộ quản lý chuyên ngành trước khi đăng ký tờ khai.
• Hàng phải kiểm tra chuyên ngành: kiểm tra chất lượng, kiểm tra an toàn thực phẩm, kiểm dịch động vật, kiểm dịch thực vật, kiểm tra hiệu suất năng lượng hoặc chứng nhận hợp quy.
• Hàng phải khai báo hóa chất, đăng ký nhãn hiệu, lưu hành: áp dụng cho hóa chất, mỹ phẩm, thuốc, trang thiết bị y tế và một số nhóm hàng đặc thù.
Nếu mặt hàng thuộc diện kiểm tra chuyên ngành, chủ hàng cần đăng ký kiểm tra trên Cổng thông tin một cửa quốc gia ngay khi có bộ chứng từ, không đợi hàng về mới làm. Một lô thực phẩm đóng gói phải chờ kết quả kiểm tra an toàn thực phẩm có thể mất thêm từ ba đến bảy ngày làm việc, đủ để phát sinh phí lưu container nếu không tính trước.​

Ước tính thuế và chuẩn bị nguồn tiền​

Hàng nhập khẩu phải nộp đủ thuế trước khi thông quan, trừ khi doanh nghiệp có bảo lãnh của ngân hàng hoặc thuộc diện doanh nghiệp ưu tiên. Kế toán cần được báo trước số tiền thuế dự kiến để chuyển khoản kịp, tránh tình huống tờ khai đã phân luồng xanh nhưng hàng không ra được vì thiếu tiền thuế.​

Bộ Chứng Từ Của Một Lô Hàng Nhập Khẩu Gồm Những Gì​

Hồ sơ hải quan hàng nhập khẩu được quy định tại Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC (đã sửa đổi, bổ sung). Hiện nay, hầu hết chứng từ được nộp dưới dạng dữ liệu điện tử hoặc bản chụp đính kèm qua hệ thống, chỉ nộp bản giấy khi công chức hải quan yêu cầu.​

Chứng từ	Bắt buộc khi nào	Lưu ý thực tế
Tờ khai hàng hóa nhập khẩu	Mọi lô hàng	Khai trên VNACCS/VCIS theo chỉ tiêu tại Phụ lục II Thông tư 38
Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice)	Lô hàng có thanh toán	Tên hàng, số lượng, đơn giá phải khớp tờ khai
Vận đơn (B/L, AWB)	Hàng vận chuyển đường biển, đường hàng không, đường sắt, vận tải đa phương thức	Bản chụp; số vận đơn dùng để hệ thống đối chiếu manifest
Giấy phép nhập khẩu	Hàng thuộc diện quản lý bằng giấy phép	Nộp trước hoặc cùng thời điểm đăng ký tờ khai
Giấy thông báo kết quả kiểm tra chuyên ngành	Hàng phải kiểm tra chuyên ngành	Phần lớn trả kết quả qua Cổng một cửa quốc gia
Chứng từ chứng nhận xuất xứ (C/O)	Lô hàng muốn hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt	Bản chính hoặc dữ liệu điện tử, hoặc chứng từ tự chứng nhận xuất xứ
Hợp đồng ủy thác	Nhập khẩu ủy thác	Bản chụp
Danh sách đóng gói (Packing List)	Không bắt buộc theo luật	Nên nộp kèm, công chức kiểm hóa dùng để đối chiếu kiện hàng

Người mới thường thắc mắc vì sao hợp đồng mua bán không nằm trong danh mục bắt buộc. Theo quy định hiện hành, hợp đồng chỉ phải xuất trình trong một số trường hợp như khi tham vấn trị giá, khi kiểm tra sau thông quan hoặc khi công chức hải quan yêu cầu làm rõ. Doanh nghiệp vẫn phải lưu giữ hợp đồng đủ thời hạn năm năm theo quy định về lưu trữ hồ sơ hải quan.​

Quy Trình 9 Bước Khai Báo Và Thông Quan Lô Hàng Nhập Khẩu​

Sơ đồ 9 bước thông quan một lô hàng nhập khẩu từ lúc nhận thông báo hàng đến tới khi lưu hồ sơ​

Phần dưới đây mô tả quy trình theo đúng trình tự một nhân viên chứng từ thực hiện cho lô hàng nhập khẩu kinh doanh đường biển, loại hình A11 hoặc A12. Hàng đường hàng không, chuyển phát nhanh hoặc nhập khẩu theo loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu có thêm một số thủ tục riêng nhưng khung trình tự cơ bản không khác.​

Bước 1: Nhận thông báo hàng đến và lấy lệnh giao hàng​

Khi tàu sắp cập cảng, hãng tàu hoặc công ty giao nhận (forwarder) gửi Giấy báo hàng đến (Arrival Notice) cho người nhận hàng. Giấy báo ghi tên tàu, số chuyến, ngày dự kiến cập cảng, số vận đơn, số container, số seal và các khoản phí địa phương (local charge) phải thanh toán.
Người làm chứng từ kiểm tra thông tin trên Arrival Notice khớp vận đơn, sau đó thanh toán phí và nhận Lệnh giao hàng (D/O). Nếu vận đơn là bản gốc (Original B/L), chủ hàng phải nộp lại bản gốc cho hãng tàu mới được cấp D/O; nếu là vận đơn điện giao hàng (Surrendered B/L, Telex Release), chỉ cần giấy giới thiệu và chứng từ thanh toán.​

Bước 2: Áp mã HS và kiểm tra lại toàn bộ dữ liệu khai​

Bước này là lần rà soát cuối trước khi nhập liệu. Người khai đối chiếu ba nguồn dữ liệu: hóa đơn thương mại, danh sách đóng gói và vận đơn. Các chỉ tiêu phải khớp nhau gồm tên hàng, số lượng, đơn vị tính, trọng lượng cả bì, số kiện, số container và điều kiện giao hàng Incoterms.
Một sai lệch nhỏ, chẳng hạn invoice ghi 1.200 chiếc nhưng packing list ghi 1.020 chiếc, đủ khiến tờ khai bị chuyển luồng đỏ hoặc bị yêu cầu giải trình. Nếu phát hiện sai lệch, người làm chứng từ yêu cầu nhà cung cấp phát hành lại chứng từ trước khi khai, không tự sửa số liệu trên tờ khai.​

Bước 3: Khai tờ khai trên hệ thống VNACCS/VCIS​

Người khai sử dụng phần mềm khai báo được kết nối hệ thống VNACCS (phổ biến là ECUS, FPT.VNACCS hoặc phần mềm của các nhà cung cấp được Cục Hải quan công nhận) và chữ ký số đã đăng ký. Trình tự trên hệ thống như sau:
• Nghiệp vụ IDA (khai thông tin nhập khẩu): người khai nhập các chỉ tiêu tờ khai như mã loại hình, mã hải quan, người xuất khẩu, vận đơn, mã HS, trị giá, thuế suất. Hệ thống tự điền thông tin doanh nghiệp, tỷ giá tính thuế và tính thuế dự kiến. Thông tin IDA chưa phải tờ khai chính thức nên vẫn sửa được.
• Nghiệp vụ IDC (khai chính thức): sau khi kiểm tra bản nháp, người khai gửi IDC để đăng ký tờ khai. Hệ thống cấp số tờ khai và tiến hành phân luồng.
• Nghiệp vụ IDA01: dùng khi cần khai sửa đổi, bổ sung thông tin tờ khai trước thời điểm thông quan.
Mã loại hình phải chọn đúng mục đích nhập khẩu. Loại hình A11 dành cho hàng nhập kinh doanh tiêu dùng làm thủ tục tại chi cục hải quan cửa khẩu, A12 dành cho hàng nhập kinh doanh sản xuất làm thủ tục tại chi cục hải quan khác cửa khẩu, E31 dành cho nguyên liệu sản xuất xuất khẩu, E21 dành cho nguyên liệu gia công. Chọn sai loại hình dẫn tới sai chính sách thuế và phải hủy tờ khai khai lại.
Tờ khai hải quan có giá trị làm thủ tục trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký. Quá thời hạn này mà hàng chưa về hoặc chưa đưa ra khỏi khu vực giám sát, tờ khai sẽ bị hủy theo quy định.​

Bước 4: Nhận kết quả phân luồng và nộp hồ sơ​

Ngay sau khi tờ khai được đăng ký, hệ thống quản lý rủi ro trả về một trong ba kết quả phân luồng:
• Luồng xanh (mã 1): miễn kiểm tra hồ sơ và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa. Tờ khai được thông quan ngay khi đã nộp đủ thuế.
• Luồng vàng (mã 2): kiểm tra hồ sơ, miễn kiểm tra thực tế. Người khai nộp chứng từ qua hệ thống, công chức hải quan có thể yêu cầu bổ sung hoặc giải trình.
• Luồng đỏ (mã 3): kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa. Mức độ kiểm tra có thể là kiểm tra một phần hoặc toàn bộ lô hàng, bằng máy soi hoặc kiểm tra thủ công.
Theo Điều 23 Luật Hải quan, cơ quan hải quan hoàn thành kiểm tra hồ sơ chậm nhất 02 giờ làm việc kể từ khi tiếp nhận đủ hồ sơ, và hoàn thành kiểm tra thực tế hàng hóa chậm nhất 08 giờ làm việc kể từ khi người khai xuất trình đủ hàng hóa. Lô hàng lớn, phức tạp có thể được gia hạn thời gian kiểm tra theo quy định.

Ba luồng tờ khai và nhóm chứng từ cần chuẩn bị cho hồ sơ hải quan nhập khẩu​

Bước 5: Kiểm tra thực tế hàng hóa khi tờ khai rơi vào luồng đỏ​

Khi tờ khai rơi vào luồng đỏ, người làm chứng từ liên hệ cảng hoặc đội kiểm hóa để đăng ký vị trí kiểm hóa, sau đó làm lệnh dịch chuyển container về bãi kiểm hóa. Công chức hải quan mở container, đối chiếu tên hàng, nhãn mác, xuất xứ, số lượng và quy cách đóng gói thực tế cùng nội dung đã khai.
Người đi kiểm hóa nên mang theo bộ chứng từ in sẵn, catalogue sản phẩm và hình ảnh nhãn hàng để giải trình khi cần. Nếu kết quả kiểm tra phù hợp, công chức ghi nhận kết quả trên hệ thống. Nếu phát hiện sai khác về mã HS, xuất xứ hoặc số lượng, người khai sẽ phải khai bổ sung và có thể bị xử phạt vi phạm hành chính.​

Bước 6: Đăng ký kiểm tra chuyên ngành hoặc đưa hàng về bảo quản​

Hàng phải kiểm tra chuyên ngành được thông quan sau khi có kết quả kiểm tra đạt yêu cầu. Để tiết kiệm phí lưu bãi, chủ hàng có thể đề nghị đưa hàng về bảo quản tại kho của doanh nghiệp trong thời gian chờ kết quả, nếu mặt hàng thuộc diện được phép.
Chủ hàng phải giữ nguyên trạng hàng hóa trong thời gian bảo quản, không được đưa vào sản xuất hay tiêu thụ. Hàng phải kiểm dịch động vật, kiểm dịch thực vật thường không được mang về bảo quản mà phải kiểm dịch tại cửa khẩu hoặc địa điểm được chỉ định. Khi có kết quả kiểm tra đạt, doanh nghiệp nộp kết quả cho hải quan để hoàn tất thông quan.​

Bước 7: Nộp thuế và lệ phí hải quan​

Người khai nộp thuế qua ngân hàng phối hợp thu hoặc cổng thanh toán điện tử hải quan. Số tiền phải nộp gồm thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế phòng vệ thương mại (nếu mặt hàng thuộc diện chịu) và lệ phí làm thủ tục hải quan 20.000 đồng mỗi tờ khai theo Thông tư 14/2021/TT-BTC.
Khi ngân hàng chuyển thông tin nộp tiền thành công, hệ thống tự động cập nhật trạng thái tờ khai. Người khai nên lưu lại chứng từ nộp tiền để đối chiếu khi kế toán hạch toán và khi kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.​

Bước 8: Thông quan và đưa hàng ra khỏi khu vực giám sát hải quan​

Tờ khai đáp ứng đủ điều kiện sẽ có trạng thái "Thông quan" hoặc "Giải phóng hàng" trên hệ thống. Tại các cảng đã triển khai Hệ thống quản lý giám sát hải quan tự động (VASSCM), thông tin container đủ điều kiện qua khu vực giám sát được truyền thẳng sang hệ thống của doanh nghiệp kinh doanh cảng.
Người làm chứng từ tiếp tục đóng phí nâng hạ, phí lưu bãi (nếu có) tại cảng, làm lệnh giao container (thường qua cổng ePort của cảng) và giao lệnh cho tài xế xe đầu kéo. Tài xế xuất trình lệnh tại cổng cảng, nhận phiếu giao nhận container (EIR) và vận chuyển hàng về kho.​

Bước 9: Trả container rỗng, lưu trữ hồ sơ và bàn giao kế toán​

Sau khi dỡ hàng tại kho, doanh nghiệp trả container rỗng về bãi do hãng tàu chỉ định trong thời hạn miễn phí. Quá hạn sẽ phát sinh phí lưu container (detention) tính theo ngày, nhiều hãng tàu áp mức lũy tiến khiến chi phí tăng rất nhanh sau tuần đầu.
Bộ hồ sơ lưu trữ gồm tờ khai đã thông quan, chứng từ nộp thuế, hóa đơn thương mại, vận đơn, C/O, kết quả kiểm tra chuyên ngành và chứng từ thanh toán quốc tế. Hồ sơ được lưu tối thiểu năm năm và phải xuất trình được khi cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan.​

Ví Dụ Tính Thuế Một Lô Hàng Nhập Khẩu Có Số Liệu Cụ Thể​

Phần ví dụ dưới đây sử dụng số liệu giả định để minh họa cách tính, người khai cần tra thuế suất thực tế theo biểu thuế và tỷ giá tính thuế do hệ thống áp dụng tại thời điểm đăng ký tờ khai.
Công ty A nhập khẩu 600 chiếc ghế văn phòng từ Trung Quốc theo điều kiện FOB Thượng Hải. Đơn giá 30 USD/chiếc, cước biển 1.200 USD, phí bảo hiểm 60 USD. Giả định thuế suất nhập khẩu ưu đãi (MFN) là 20%, thuế suất ưu đãi đặc biệt theo Hiệp định ASEAN - Trung Quốc (C/O mẫu E) là 0%, thuế giá trị gia tăng 10%, tỷ giá tính thuế 25.500 đồng/USD.
• Trị giá FOB: 600 × 30 = 18.000 USD.
• Trị giá tính thuế (trị giá CIF): 18.000 + 1.200 + 60 = 19.260 USD, quy đổi 19.260 × 25.500 = 491.130.000 đồng.
• Thuế nhập khẩu khi không có C/O: 491.130.000 × 20% = 98.226.000 đồng.
• Thuế giá trị gia tăng khi không có C/O: (491.130.000 + 98.226.000) × 10% = 58.935.600 đồng.
• Tổng thuế khi không có C/O: 157.161.600 đồng.
• Tổng thuế khi có C/O mẫu E hợp lệ: thuế nhập khẩu 0 đồng, thuế giá trị gia tăng 491.130.000 × 10% = 49.113.000 đồng.
Chênh lệch giữa hai phương án là 108.048.600 đồng, tương đương khoảng 22% trị giá lô hàng. Con số này cho thấy vì sao người làm chứng từ phải yêu cầu nhà cung cấp cấp C/O đúng mẫu, đúng thời hạn và kiểm tra kỹ tiêu chí xuất xứ trước khi hàng lên tàu. Nếu mặt hàng thuộc diện được giảm thuế giá trị gia tăng xuống 8% theo chính sách đang áp dụng đến hết ngày 31/12/2026, số thuế giá trị gia tăng sẽ thấp hơn tương ứng.​

Các Mốc Thời Hạn Người Làm Chứng Từ Nhập Khẩu Phải Nhớ​

Nội dung	Thời hạn	Căn cứ
Nộp tờ khai hải quan nhập khẩu	Trước ngày hàng đến cửa khẩu hoặc trong 30 ngày kể từ ngày hàng đến	Điều 25 Luật Hải quan
Hiệu lực làm thủ tục của tờ khai	15 ngày kể từ ngày đăng ký	Điều 25 Luật Hải quan
Kiểm tra hồ sơ (luồng vàng)	Chậm nhất 02 giờ làm việc	Điều 23 Luật Hải quan
Kiểm tra thực tế hàng hóa (luồng đỏ)	Chậm nhất 08 giờ làm việc	Điều 23 Luật Hải quan
Khai bổ sung sau thông quan	Trong 60 ngày kể từ ngày thông quan, trước khi cơ quan hải quan quyết định kiểm tra	Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC (đã sửa đổi)
Lưu trữ hồ sơ hải quan	Tối thiểu 05 năm	Luật Hải quan

Hàng nhập khẩu quá 30 ngày kể từ ngày đến cửa khẩu mà chưa khai hải quan là hành vi vi phạm thời hạn làm thủ tục và bị xử phạt hành chính. Nếu quá 90 ngày mà không có người đến nhận, lô hàng bị xử lý như hàng tồn đọng theo Điều 57 Luật Hải quan, trong khi phí lưu bãi, lưu container vẫn cộng dồn từng ngày.​

Những Lỗi Thường Gặp Khi Thông Quan Hàng Nhập Khẩu Và Cách Xử Lý​

Phần lớn lỗi dưới đây đều có thể phòng ngừa từ khâu chuẩn bị. Khi lỗi đã xảy ra, người làm chứng từ cần xác định đúng thời điểm phát hiện (trước hay sau thông quan) để chọn cách xử lý phù hợp.
• Áp sai mã HS: nếu phát hiện trước thông quan, người khai dùng nghiệp vụ IDA01 để khai sửa đổi. Nếu phát hiện sau thông quan, người khai nộp hồ sơ khai bổ sung trong thời hạn 60 ngày. Mã HS sai dẫn tới thiếu thuế sẽ bị truy thu kèm tiền chậm nộp và có thể bị phạt.
• C/O không hợp lệ: sai mẫu, sai tên người nhận hàng, khác mô tả hàng hóa hoặc ký sai thời hạn. Doanh nghiệp tạm nộp thuế theo thuế suất thông thường, sau đó đề nghị nhà cung cấp cấp lại C/O và nộp bổ sung để được hoàn số thuế chênh lệch trong thời hạn cho phép.
• Số lượng hàng thực tế thừa, thiếu: Thông tư 121/2025/TT-BTC đã bổ sung thủ tục khai bổ sung, sửa số lượng khi hàng thừa, thiếu hoặc nhầm, kể cả lô hàng có thỏa thuận dung sai giữa người mua và người bán. Doanh nghiệp cần biên bản giám định hoặc xác nhận của người bán để làm căn cứ.
• Quên đăng ký kiểm tra chuyên ngành: hàng không được thông quan, container nằm bãi chờ kết quả. Cách khắc phục là đăng ký ngay trên Cổng một cửa quốc gia và đề nghị đưa hàng về bảo quản nếu mặt hàng được phép.
• Trị giá khai báo bị nghi vấn: hải quan có thể tổ chức tham vấn trị giá. Doanh nghiệp chuẩn bị hợp đồng, chứng từ thanh toán, bảng báo giá và giải trình về mức giá. Thông tư 121/2025/TT-BTC bổ sung hình thức tham vấn gián tiếp qua hệ thống điện tử cho doanh nghiệp được đánh giá tuân thủ cao trở lên.​

Câu Hỏi Thường Gặp Về Thủ Tục Thông Quan Hàng Nhập Khẩu​

Mất bao lâu để thông quan một lô hàng nhập khẩu?​

Thời gian thông quan phụ thuộc kết quả phân luồng. Tờ khai luồng xanh thường được thông quan trong vài phút sau khi nộp đủ thuế. Tờ khai luồng vàng mất khoảng nửa ngày đến một ngày làm việc, tờ khai luồng đỏ mất từ một đến hai ngày làm việc nếu không có kiểm tra chuyên ngành.​

Doanh nghiệp mới thành lập có tự khai hải quan được không?​

Doanh nghiệp mới thành lập được phép tự khai hải quan khi đã có chữ ký số, đã đăng ký tài khoản người sử dụng trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và đã kết nối bằng tài khoản VNeID theo quy định mới. Trường hợp chưa có người am hiểu nghiệp vụ, doanh nghiệp nên thuê đại lý làm thủ tục hải quan cho những lô hàng đầu.​

Hàng đã về cảng nhưng chưa có C/O thì xử lý thế nào?​

Người khai vẫn đăng ký tờ khai đúng thời hạn và khai thông tin C/O sẽ nộp bổ sung. Doanh nghiệp tạm nộp thuế theo thuế suất ưu đãi thông thường để lấy hàng, sau đó nộp C/O hợp lệ trong thời hạn quy định để được xử lý tiền thuế nộp thừa.​

Packing List có bắt buộc trong hồ sơ hải quan nhập khẩu không?​

Danh sách đóng gói không nằm trong danh mục chứng từ bắt buộc tại Điều 16 Thông tư 38/2015/TT-BTC. Tuy vậy, người làm chứng từ nên nộp kèm, nhất là lô hàng nhiều mã hàng, vì công chức hải quan dùng chứng từ này để xác định vị trí kiện hàng khi kiểm tra thực tế.​

Tờ khai đã thông quan có hủy được không?​

Tờ khai đã thông quan nhưng hàng hóa chưa đưa qua khu vực giám sát hải quan có thể được hủy theo đề nghị của người khai trong một số trường hợp, ví dụ hàng gửi nhầm, hàng phải tái xuất. Khi hàng đã đưa ra khỏi khu vực giám sát, tờ khai không còn được hủy mà phải xử lý bằng khai bổ sung hoặc thủ tục tái xuất.
Một lô hàng nhập khẩu thông quan nhanh luôn bắt đầu từ khâu chuẩn bị: mã HS được xác định sớm, chính sách mặt hàng được kiểm tra trước khi ký hợp đồng, bộ chứng từ khớp nhau từng con số và nguồn tiền thuế sẵn sàng trước ngày tàu cập cảng. Chín bước trên VNACCS chỉ là phần thể hiện cuối cùng của công tác chuẩn bị đó.
Người làm chứng từ nên lưu lại một bảng kiểm tra riêng cho từng nhóm mặt hàng doanh nghiệp thường nhập, cập nhật mỗi khi có văn bản mới như Thông tư 121/2025/TT-BTC. Thói quen này rút ngắn thời gian xử lý ở những lô hàng sau và hạn chế tối đa rủi ro truy thu thuế khi hải quan kiểm tra sau thông quan.​